Сейчас принятая стратиграфия Гёбекли-Тепе включает в себя три культурных слоя. Верхний (слой I) вообще неинтересный. Средний (слой II) состоит из небольших четырёхугольных строений без дверных проёмов (доступ через крышу). Это более-менее понятно на что похоже – в знаменитом Чатал-Хююке, например, очень похожая архитектура. Однако, согласно датировке, слой II Гёбекли-Тепе древнее самых старых слоёв Чатал-Хююка примерно на тысячу лет и относится к 8500-7700 гг. до н. э. Источник.
Слой III состоит из круглых или овальных каменных строений, самые ранние из которых датируются 9 600-ми годами до н. э. (11 600 лет назад).